Les structures de gestion de l'EDCTP comprennent un groupement européen d'intérêt économique (EEIG-EDCTP), l'entité légale de mise en œuvre du programme et de gestion du financement. La structure de l'EDCTP-EEIG est la suivante:

• Un organe directeur, l'Assemblée, qui compte des représentants de tous les États membres européens participants
• Un organe exécutif, le Secrétariat, qui assure la gestion quotidienne.
• Des structures partenaires, externes à l'EEIG:
• Le Conseil de partenariat (CP), un groupe d'experts scientifiquement indépendants qui développe la planification stratégique de l'EDCTP
• Le Comité de coordination des pays en développement (CCPD), constitué de représentants scientifiques africains et qui garantit la participation et l'engagement des pays et des chercheurs africains

Les structures du Partenariat et la Commission européenne sont des membres permanents de l'Assemblée de l'EEIG. Le rôle et le fonctionnement de chaque entité sont déterminés par les statuts et les réglementations internes de l'EEIG.