As estruturas de gestão da EDCTP incluem um Agrupamento Europeu de Interesse Económico (EDCTP-AEIE), a entidade jurídica responsável pela implementação do programa e pela gestão dos financiamentos. O AEIE é composto por:

• Um órgão de governação, a Assembleia, na qual estão representados todos os Estados-Membros europeus
• Um órgão executivo, o Secretariado, que assegura a gestão corrente.

Estruturas da Parceria externas ao AEIE, que incluem:

• O Conselho da Parceria (CP), um painel científico independente de peritos que desenvolve o planeamento estratégico da EDCTP
• O Comité Coordenador dos Países em Desenvolvimento (CCPD), constituído por proeminentes cientistas africanos, que garante o investimento e o empenho dos países e investigadores africanos.

As estruturas da Parceria e a Comissão Europeia têm assento permanente na Assembleia do AEIE. O papel e o funcionamento de cada órgão são definidos nos estatutos e no regulamento interno do AEIE.